Los años finales del siglo XX, fueron años de conformismo y estancamiento en la Cofradía de Jesús. No sería hasta los años noventa donde bajo la presidencia de Francisco López Yuste, la cofradía tomaría un nuevo camino abandonando ese conformismo, aunque no sería hasta unos pocos años después donde, ya entrado el siglo XXI, cogería el relevo en la presidencia Antonio Camacho Vázquez, y siguiendo los pasos de su predecesor la cofradía volverían de nuevo a una época dorada de innovación y progreso, donde principalmente se apostó por la restauración, mantenimiento y desarrollo del patrimonio que la cofradía poseía por aquel entonces.
Tras haber restaurado todo el patrimonio, y viendo la restructuración que la Junta de Hermandades Pasionarias había previsto realizar para el año 2009 en las procesiones de la Semana Santa de Cieza, la directiva de la cofradía propone la realización de un nuevo paso, La Coronación de Espinas, y cuya idea es presentada en el año 2004 a la asamblea de la cofradía. Tras varios años de búsqueda, con la intención de mantener la línea de calidad artística de las obras que ya posee la cofradía, finalmente en el año 2006 se llega a un acuerdo y se firma el contrato con el imaginero córdobas Francisco Romero Zafra por una cuantía que rondaría los ocho millones de pesetas como viene citado en el libro de actas de la cofradía.
Este proyecto llega a su fin, y el paso de La Coronación de Espinas por fin ve la luz en el año 2009 sustituyendo a la imagen titula de Nuestro Padre Jesús Nazareno en la Procesión General de Miércoles Santo. Del mismo modo, en ese año la cofradía también incorporaría un paso infantil, con una imagen de Santa María Salomé realizada por el joven escultor ciezano Antonio Jesús Yuste Navarro, para desfilar en la tarde de Sábado de Gloria en el pasacalles de los tercios infantiles, acontecimiento dedicado exclusivamente para el fomento de la Semana Santa entre los más jóvenes, pues ellos son los protagonistas absolutos de este pasacalles. Esto supuso para la Cofradía de Jesús un nuevo paso hacia delante. Tras unos años de retroceso entre su filas donde el número de penitentes y tercio infantil se veía reducido. Es a partir de ahora que los nazarenos volvían a llenar sus filas con un notable crecimiento y rejuvenecimiento de los hermanos hasta el día hoy.
En este periodo la Real Cofradía de Jesús Nazareno también ha dado un paso importante para cuidar y engrandecer su patrimonio musical. En el año 1999 el ciezano Francisco García Alcázar escribiría la primera marcha de procesión documentada dedicada al titular de la cofradía bajo el título de Nazareno de Cieza. Aun siendo está escrita para ser interpretada por una banda de música, la cofradía ha mostrado su gran interés por el estilo de agrupación musical, estilo que mantiene la tradicional corneta que siempre ha acompañado al Nazareno, e incorpora otro tipo de instrumentos de viento metal que hacen de este género una importante apuesta de futuro.
En el año 2015, y de la mano de la Agrupación Musical Medina Siyasa de Cieza, se estrenaba la primera marcha en este estilo dedicada a la cofradía bajo el título La Coronación de Espinas, claramente dedicada al paso del mismo nombre, y compuesta por el ciezano Antonio Piñera Moreno. Más recientemente, en el año 2018, llegaba la segunda de las marchas del estilo, esta vez de la mano del joven compositor, y hermano de la cofradía, Antonio Jesús Hernández Alba, que bajo el título de María Salomé, Luz en el Luto dedicaba una nueva marcha a la imagen de la Salomé, desde el año 1960 que el ciezano José Gómez Villa compusiera su pasodoble.
